「pre_get_posts」フックは、クエリ変数オブジェクトの生成後、実際にクエリが実行される前に呼び出されます。
なのでこのフックを使い、クエリにカスタム投稿を含める記述をfunctions.phpに行います。

function filter_search( $query ) {
  // 上書きする内容
}
add_filter( 'pre_get_posts', 'filter_search' );

• 「add_filter( ‘pre_get_posts’, ‘関数名’ );」を設定することで、「pre_get_posts」の実行時に、設定した関数を呼び出すことができます。
• 「$query」を引数に設定することで、クエリ（$query）に干渉することができます。

「$query->set( ‘post_type’, array( ‘post’, ‘page’, ‘投稿タイプ名’ ) );」と実行することで、クエリ内の対象の投稿タイプをカスタマイズすることができます。
もし投稿や固定ページを除外したい場合は。上記の「post」「page」を削除し、「$query->set( ‘post_type’, array( ‘投稿タイプ名’ ) );」とすることで、検索から除外することができます。

$query->set( 'post_type', array( 'post', 'page', 'customposttype' ) );

「if ( $query->is_search() && $query->is_main_query() && ! is_admin() )」という条件分岐を挟むことで、サイト内検索結果ページのみを対象にします。

if ( $query->is_search() && $query->is_main_query() && ! is_admin() )

「$query->set( ‘post_type’, array( ‘post’, ‘page’, ‘投稿タイプ名’ ) );」と実行することで、クエリ内の対象の投稿タイプをカスタマイズすることができます。
もし投稿や固定ページを除外したい場合は。上記の「post」「page」を削除し、「$query->set( ‘post_type’, array( ‘投稿タイプ名’ ) );」とすることで、検索から除外することができます。

function filter_search( $query ) {
  // 上書きする内容
  $query->set( 'post_type', array( 'post', 'page', 'customposttype' ) );
}
add_filter( 'pre_get_posts', 'filter_search' );